Alšėnų seniūnijoje yra 25 kaimai – vieni didesni, kiti mažesni, o kai kurių belikusi vos viena kita sodyba. Keletą kaimų kerta seniūnijos riba, o to paties kaimo dalis – jau kaimyninės seniūnijos žinioje.
- ALŠĖNŲ kaimas
- ARMANIŠKIŲ kaimas – Gelžkeliuko gatvė dalija kaimą per dvi seniūnijas. Viršutinė kaimo dalis žemėlapyje – Ringaudų sen.
- BIJŪNŲ kaimas
- BLIOVŲ kaimas
- ČEBELIŠKĖS kaimas – Gelžkeliuko gatvė dalija kaimą per dvi seniūnijas. Viršutinė kaimo dalis žemėlapyje – Ringaudų sen.
- DIEVOGALOS kaimas
- DIGRIŲ kaimas
- GIRININKŲ I kaimas
- GIRININKŲ II kaimas – Gelžkeliuko gatvė dalija kaimą per dvi seniūnijas. Viršutinė kaimo dalis žemėlapyje – Ringaudų sen.
- JONUČIŲ kaimas
- KAMPIŠKIŲ kaimas
- KŪJAGALVIŲ kaimas
- MACIJAUSKŲ kaimas
- MASTAIČIŲ kaimas
- NARSIEČIŲ kaimas
- PABARTUPIO kaimas
- PADAINUPIO kaimas
- PAMAIŠUPIO kaimas
- PAŽĖRŲ kaimas
- PODERIŠKIŲ kaimas – Gelžkeliuko gatvė dalija kaimą per dvi seniūnijas. Viršutinė kaimo dalis žemėlapyje – Ringaudų sen.
- STANAIČIŲ kaimo istorinė dalis – dabar Bijūnų k.
- ŠILĖNŲ kaimas – Alšėnų sen. priklauso vos keli kaimo šiaurinės dalies sklypai, likusi didžioji dalis yra Veiverių sen.
- SMAILIŲ kaimas – dviejų atskirų dalių kaimas
- ŠNIŪRŲ kaimas
- TIRKILIŠKIŲ kaimas
- TUMPŲ kaimas